出典：h5c/docs/USAGE-visualization.md
可視化出力
メッシュとフィールドを HDF5 に書き、h5xdmf で ParaView 用の XDMF を生成します。保存形式は FORMAT.md、 リンクする target は USAGE.md を参照してください。
出力の手順
1 ステップにつき 1 ファイルを作り、time に時刻を渡します。
既存ファイルは切り詰められます。出力先ディレクトリは事前に作成してください。
以下は呼び出し順の例です。各関数の戻り値を確認してください。
#include <h5c/h5c_viz.h>
h5c_viz_t *viz = NULL;
h5c_viz_mesh_t mesh = {0};
h5c_viz_open("result/seq000000.h5", t, &viz);
mesh.kind = H5C_VIZ_UNSTRUCTURED;
mesh.name = "fluid";
mesh.topology = "Tetrahedron";
mesh.nodes_per_element = 4;
mesh.num_points = npoints;
mesh.num_cells = ncells;
h5c_viz_begin_mesh(viz, &mesh);
h5c_viz_write_nodes(viz, nodes, H5C_F64);
h5c_viz_write_connectivity(viz, conn, H5C_I32);
h5c_viz_write_point_data(viz, "Pressure", p, H5C_F64, 1);
h5c_viz_write_point_data(viz, "Velocity", v, H5C_F64, 3);
h5c_viz_write_cell_data(viz, "SubdomainID", id, H5C_I32, 1);
h5c_status_t failed = h5c_viz_status(viz);
h5c_status_t closed = h5c_viz_close(viz);
h5c_viz_status() は最初の失敗、h5c_viz_close() は close 自体の成否を返します。
close 後はハンドルを使えません。エラー処理 も参照してください。
メッシュとバッファ
- 点数には、そのランクの cell が参照する全ローカル節点を含めます。 ランク境界での節点の重複は許容されます。
- cell 数は所有する cell の数です。ghost cell は出力しません。
- connectivity はランク内の 0-origin 節点番号を渡します。 範囲外は拒否されます。1-origin や変換済みの global ID を渡さないでください。
- 座標は
num_points * 3要素をx0, y0, z0, x1, y1, z1, ...の順に渡します。 connectivity はnum_cells * nodes_per_element要素です。 - field は点数または cell 数 × 成分数のバッファです。 成分順は FORMAT.md に従います。
座標を x/y/z で別々に持つ場合は h5c_viz_write_nodes_comps()、
field には h5c_viz_write_point_data_comps() / h5c_viz_write_cell_data_comps()
を使い、各成分のポインタを配列で渡します。
点群は H5C_VIZ_POLYDATA、num_cells = 0 にし、connectivity と cell data は書きません。
別のメッシュを追加するには、異なる name で h5c_viz_begin_mesh() を呼びます。
name 未指定時は非構造格子が ugrid、点群が polydata です。
非構造格子の topology 未指定時は Hexahedron、節点数 0 は 8 として扱います。
並列出力
MPI 初期化後、open を次に置き換えます。以降のメッシュ・書き込み・close は共通です。
#include <h5c/h5c_viz_mpi.h>
h5c_viz_popen("result/seq000000.h5", t, MPI_COMM_WORLD, MPI_INFO_NULL, &viz);
全ランクが同じ順序で、同じメッシュ名・field 名を指定して操作します。
時刻・topology・成分数などの共通 metadata もそろえてください。
点数・cell 数はランクごとに異なってよく、0 でも同じ呼び出しに参加します。
h5c_viz_status() はローカルな参照です。
h5c_viz_offsets() で現在のメッシュの point / cell offset を取得できます。
communicator は close まで有効に保ち、MPI は close 後に終了してください。
後処理
h5xdmf のインストール方法 に従って用意し、 出力した時系列を指定します。
h5xdmf "result/seq*.h5" --metadata result/metadata.h5 --outdir result